Mit dem Drittligisten stieg der 1,87 Meter große Schubert 2015/16 in die zweite Liga auf. In den darauffolgenden Spielzeiten entwickelte sich Schubert schließlich zum Stammtorwart und absolvierte 2018/19 32 Pflichtspiele für die Sachsen. Nach seiner Ankunft auf Schalke bestritt Schubert in seinem ersten Jahr im deutschen Oberhaus neun Partien sowie eine weitere im DFB-Pokal. Das Debüt erfolgte am 15. Dezember 2019 gegen die Eintracht, deren Farben er bis zum Saisonende tragen wird. Schubert erhält die Rückennummer 23.
Sportvorstand Fredi Bobic: „Mit Markus Schubert konnten wir einen entwicklungsfähigen deutschen Juniorennationaltorhüter für uns gewinnen, der in der Vergangenheit bereits Bundesliganiveau nachgewiesen hat. Markus erhält in Frankfurt alle Möglichkeiten, unter Jan Zimmermann und an der Seite von Kevin Trapp weiter zu reifen. Das Trainerteam und nicht zuletzt Jan Zimmermann sprachen sich einstimmig für Markus als neue Nummer zwei aus. Wir sehen uns auf der Torwartposition in dieser Konstellation für die laufende Spielzeit sehr gut aufgestellt.“
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